The Truth convence a CJ para colarse en el Área 69, la base secreta del desierto, y robar un prototipo: el jetpack.
- Contacto: The Truth, en el aeródromo de Verdant Meadows, entre las 20:00 y las 6:00.
- Recompensa: respeto. Desbloquea Green Goo.
Entrar en la base
Atiende a las instrucciones para entrar en el área secreta. Recibirás unas gafas de visión térmica para localizar a los enemigos en la oscuridad. Ojo: tienes que acabar antes del amanecer o te echarán de la base.
Hay dos formas de hacerlo:
- En silencio. Elimina a los soldados de las torres de vigilancia con el rifle de francotirador; con las gafas es todavía más fácil. Limpia una torre y sus alrededores, súbete a ella y elimina a los siguientes desde arriba, recogiendo el rifle de cada torre para recargar. Lleva unas 40 o 50 balas. Una pistola con silenciador también ayuda.
- A lo bruto. Deja que te descubran a propósito: cambia la forma de entrar. Busca la rejilla de ventilación, dispárala y recorre el conducto hasta el interior.
Dentro del complejo
Dentro saltará la alarma y todos los soldados irán a por ti. Tras eliminar a los primeros, busca a la derecha un chaleco antibalas y una motosierra. Vigila tu espalda. Cerca del punto amarillo llegan más enemigos; recorre la zona si necesitas más chalecos.
Antes del laboratorio del científico verás un corazón tras una rejilla que parece inaccesible: dispara a la rejilla para cogerlo, y más al fondo hay otro chaleco. Recoge el pase de seguridad para abrir la compuerta.
Baja por la escalera de caracol eliminando soldados (todos aparecen en el radar), coge el jetpack y pulsa 
para salir volando. Sube rápido y no te alcanzarán. Fuera, vuela hasta el punto amarillo para entregarlo. La última misión del desierto es Green Goo.